Cảng Ninh Phúc được xây dựng từ cuối năm 1995 với giá trị ban đầu là 125 tỷ đồng. Ngày 27/6/2000 Cảng Ninh Phúc chính thức đưa vào khai thác. Năm 2015, cụm Cảng Ninh Phúc được Bộ Giao thông vận tải quyết định công bố được tiếp nhận phương tiện thuỷ nội địa, tàu biển Việt Nam và nước ngoài có trọng tải đến 3.000 tấn. Hiện nay, Cụm cảng Ninh Phúc - Ninh Bình là một trong những cảng đường sông lớn nhất ở Việt Nam. Hà Nội, Ninh Bình, Phú Thọ là 3 địa phương có năng lực vận tải đường thủy nội địa lớn nhất miền Bắc.